El Museo de Instrumentos Musicales (MIM) tiene su génesis en la colección de instrumentos de música indígena existente en el ámbito del Museo Nacional de Historia Natural (MNHN) desde antes de 1926.
A partir de la documentación administrativa y normativa relevada, el MIM aparece en el organigrama del Instituto de Musicología Nativa en 1945 (según la disposición del 27 de marzo de ese año). De esta manera, tanto los instrumentos ya depositados en el MNHN como los recolectados en los viajes de investigación, los comprados o donados hasta la actualidad conforman el total de la colección de instrumentos musicales en el INM.
A su vez, los encargados de este sector como parte de sus funciones, misiones y actividades periódicas de gestión, administración y control fueron produciendo una gran cantidad de documentos que constituyen actualmente la sección documental del Museo de Instrumentos Musicales.